Единоличным исполнительным органом государственного бюджетного общеобразовательного учреждения Ставропольского края «Средняя общеобразовательная школа №3» является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью учреждения.
Директор ГБОУ СК «СОШ №3» - Яцына Андрей Александрович.
В ГБОУ СК «СОШ №3» формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся:
- Управляющий совет;
- Общее собрание работников;
- Педагогический совет.
Государственное бюджетное общеобразовательное учреждение Ставропольского края «Средняя общеобразовательная школа №3» не имеет филиалов и структурных подразделений.